กระทรวงสาธารณสุข แรงงาน และสวัสดิการมีการแบ่งส่วนราชการดังนี้:[1][2]

• สำนักงานเลขาธิการรัฐมนตรี (ญี่ปุ่น: 大臣官房 โรมาจิ: Daijin Kanbō)
• กรมนโยบายสุขภาพ (ญี่ปุ่น: 医政局 โรมาจิ: Isei Kyoku)
• กรมบริการสุขภาพ (ญี่ปุ่น: 健康局 โรมาจิ: Kenkō Kyoku)
• กรมเภสัชภัณฑ์และความปลอดภัยอาหาร (ญี่ปุ่น: 医薬・生活衛生局 โรมาจิ: Iyaku Seikatsu Eisei Kyoku)
• กรมมาตรฐานแรงงาน (ญี่ปุ่น: 労働基準局 โรมาจิ: Rōdō Kijun Kyoku)
• กรมอาชีพมั่นคง (ญี่ปุ่น: 職業安定局 โรมาจิ: Shokugyō Antei Kyoku)
• กรมสภาพแวดล้อมการจ้างงานและการจ้างงานเท่าเทียม (ญี่ปุ่น: 雇用環境・均等局 โรมาจิ: Koyō Kankyō Kintō Kyoku)
• กรมเด็กและครอบครัว (ญี่ปุ่น: 子ども家庭局 โรมาจิ: Kodomo Katei Kyoku)
• กรมสังคมสงเคราะห์และผู้ประสบภัยสงคราม
• กรมสุขภาพและสวัสดิการเพื่อผู้สูงอายุ
• กรมประกันสุขภาพ (ญี่ปุ่น: 保険局 โรมาจิ: Hoken Kyoku)
• กรมเงินบำนาญ (ญี่ปุ่น: 年金局 โรมาจิ: Nenkin Kyoku)
• คณะกรรมการ
  • คณะกรรมการหลักประกันสังคม
  • คระกรรมการวิทยาศาสตร์สุขภาพ
  • คณะกรรมการนโยบายแรงงาน
  • คณะกรรมการจริยธรรมอาหาร
  • คณะกรรมการกิจการเภสัชภัณฑ์และการสุขาภิบาลอาหาร
  • คณะกรรมการตรวจสอบสถาบันการบริหารอิสระ
  • คณะกรรมการค่าจ้างขั้นต่ำ
  • คณะกรรมการอุทธรณ์ประกันแรงงาน
  • คณะกรรมการตรวจสอบประกันสังคม
  • คณะกรรมการตรวจสอบเอกสารรับรองการป่วยไข้และทุพพลภาพ